明清时期可以说是南红玛瑙发展的第二个高峰期，其中明朝的徐霞客就在《徐霞客游记》中记载了保山南红玛瑙的特点，“上多危崖，藤树倒罨，凿崖迸石，则玛瑙嵌其中焉。其色月白有红，皆不甚大，仅如拳，此其蔓也。

随之深入，间得结瓜之处，大如升，圆如球，中悬为宕，而不粘于石，宕中有水养之，其晶莹紧致，异于常蔓，此玛瑙之上品，不可猝遇，其常积而市于人者，皆凿蔓所得也 ”，正是徐霞客的这一发现，使得保山南红玛瑙成为了明清时期皇家用料的首选产地。但由于地质环境等因素，保山料多綹裂，难成大器。

到了清时期，藏传佛教文化兴起，藏民喜欢佩戴红色饰品，起初所配红色饰物为红珊瑚，但红珊瑚高昂的价格和稀缺性使得很多藏民无法获得，从而南红玛瑙成为其替代品而逐渐被普及开来。

在藏传佛教中，七宝中的“赤珠”就是指南红玛瑙，非常的珍贵，藏民常用之入药，养心养血，信仰佛教者认为他有特殊功效。

雍正元年（1723）年，南红走入清廷，记载其品种的名字叫做“红白玛瑙”（《清宫内务府造办处档案总汇》1，人民出版社，2005年）。

正是由于藏传佛教对清廷的影响，南红玛瑙与藏文化有了交流，尤其是雍正个人长时间沉浸于藏区文化中，南红走入清廷也是理所当然的事情了。

随着清廷上层文化对藏文化的偏爱，清朝规制之外出现了南红的很多配饰，比如朝珠、官帽上的顶珠等。

我们从一些历史遗物中可以看到一些南红材质的分珠（即朝珠串中那4颗大珠）、南红玛瑙三通配饰、背云、佛头、佛嘴、坠子等。一般这些南红配件都配合象牙、翡翠材质使用为较常见。十分罕见的南红雕花珠绝大多数都是属于朝珠范围的，清手串珠也同样属于此范围。因为制作的精细程度较高，并且由于内陆人并不以南红入药，一般品相相对完整，所以朝珠的价格也是南红中非常高的。

与此同时，南红开始出现雕件文化，清廷将御用玉雕工匠做南红雕件作为装饰品在宫廷摆放，而大臣们则以其象征身份地位而摆于家中。

正是由于这种疯狂的喜爱，南红玛瑙在清晚期矿源枯竭，南红玛瑙历史文化暂告一段落。

部分明清时期南红玛瑙遗存雕件欣赏：