天然玉石玛瑙多多少少存在着一些瑕疵，这个问题在南红玛瑙中也自然是难以避免，若一件南红玛瑙表现出完美无瑕的品相，它的市场价格和收藏价值也是相当昂贵的。那么，瑕疵对南红玛瑙收藏价值的影响究竟有多大呢？

裂和杂质是影响南红玛瑙收藏价值的两大瑕疵，熟悉南红的朋友都知道，南红玛瑙天然多裂，不同程度的裂纹大小、长短和深浅，对南红玛瑙收藏价值造成的影响是不同的。裂纹的范围越大、越长、越深者，其收藏价值将大打折扣，太严重者甚至只能变成废料，几乎没有收藏价值了。

而杂质则是南红玛瑙形成之初所遗留下的另外一种“先天不足”，它的存在对南红玛瑙收藏价值的影响程度虽然不及裂纹，但对南红玛瑙的观赏价值也造成了不少影响。若是杂色杂质较多，也将拉低南红玛瑙的收藏价值。此外，担心南红玛瑙原石有矿点也是困扰藏友的一个问题。

面对这么瑕疵对南红玛瑙收藏价值的影响，雕刻者通常采用巧雕的方式来避开或切除，或者干脆直接利用瑕疵进行创作，变“废”为宝，画龙点睛，反而提高了收藏价值。如图中的南红玛瑙荷花雕件，便是将裂纹巧妙雕成了荷叶被虫蛀的样子，使作品更具有自然写实的气息。